Die Orgelgeschichte der Michaelskirche in München reicht bis ins 16. Jahrhundert zurück, als die ersten Jesuiten in die Stadt kamen und hier weitreichende Aktivitäten entfalteten. Noch während der Bauzeit wurde 1590 eine erste, aus der Lorenzkirche stammende Orgel in St. Michael aufgestellt, und 1597 war gleichzeitig mit der Kirche auch eine neue Orgel von Urban Heusler fertig, die wie ihre beiden Nachfolgerinnen etwa 100 Jahre ihren Dienst verrichtete. Der bedeutendste Musiker, der an der Jesuitenkirche wirkte, war sicherlich Joseph Gabriel Rheinberger – er amtierte einige Jahre als Organist und konzipierte außerdem den 1896er Orgelneubau durch Franz Maerz, der durch eine testamentarische Zuwendung von Rheinbergers 1892 verstorbener Frau Franziska ermöglicht wurde. Diese Orgel fiel allerdings 1944 einem Bombenangriff zum Opfer. Die Wiederaufbauarbeiten an der Kirche zogen sich bis in die 1980er Jahre hin, und 1966 sowie 1982/83 entstanden abermals neue Orgeln. Die heutige Michaelsorgel wurde 2011 durch die Orgelbaufirma Rieger aus Vorarlberg/Österreich reorganisiert und um ein deutsches Schwellwerk erweitert. Dabei wurde der Prospekt des Jesuitenbruders Johann Hörmann aus dem 17. Jahrhundert beibehalten und ein Großteil des Pfeifenmaterials der Sandtner-Orgel (1982/83) wiederverwendet. Das neue Orgelwerk ermöglicht die stilgerechte Interpretation eines sehr breiten Spektrums an Orgelmusik. Dieses Spektrum bildet eine neue CD-Reihe im querstand-Label ab; die erste CD ermöglicht mit ihrer Kombination von Bruhns über Bach und Mendelssohn bis zu Widor bereits einen entsprechenden Eindruck. Es spielt Peter Kofler, seit 2008 Organist an St. Michael und Leiter des Festivals „Münchener Orgelherbst“.